ექვთიმე თაყაიშვილის მრავალმხრივი სამეცნიერო მოღვაწეობას შორის განსაკუთრებით აღსანიშნავია მისი როლი ქართული ფილოლოგიის ისეთი დარგის მიმართ, როგორიცაა რუსთველოლოგია. მან შეაგროვა „ვეფხისტყაოსნის“ ხელნაწერები, აღწერა და მოგვცა მათი ზუსტი კლასიფიკაცია. ამის დასტურია თვით მეცნიერის შემდეგი სიტყვები: „ სხვა ძეგლთა შორის, განსაკუთრებულ ყურადღებას ვაქცევდი „ვეფხისტყაოსნის“ ძველი ხელნაწერების აღმოჩენას და ლიტერატურაში უკვე ცნობილ ხელნაწერთა შეძენას მფლობელთაგან“. ბევრი სირთულის გადალახვა უწევდა ამის განსახორციელებლად „პირდაპირ საარაკო თავგადასავალად იქცა თვით ხელნაწერთათვისაც, მათი პატრონებისათვისაც და ჩემთვისაც“. თუ რა დიდი მონდომებითა და თავგანწირვით ახდენდა თაყაიშვილი „ვეფხისტყაოსნის“ხელნაწერების მოპოვებას , ჩანს მისი მოგონებებიდან, სადაც ნათლად იკვეთება მისი ღვაწლი რუსთველოლოგიაში და საერთოდ ქართული კულტურის წინაშე.„ვეფხისტყაოსნის“ ხელნაწერთთა შორის აღსანიშნავია H 54. იგი გიორგი მეთერთმეტეს გადაუწერინებია რუსთველოლოგიურ ლიტერატურაში უკვე კარგად ცნობილ ბეგთაბეგისათვის 1860 წელს. ამ ხელნაწერს უმოგზაურია მოსკოვ-თბილის-კახეთს შორის; ბოლოს ექვთიმე თაყაიშვილს გაუგია მისი ადგილ- სამყოფელი და მის მფლობელს მანამ არ მოსშვებია, სანამ ეს ხელნაწერი არ მიუღია (1909) 150 მანეთი გადაუხდია ამასთან დაკავშირებით მეცნიერი აღნიშნავს, რომ ეს იყო უდიდესი საფასური, რომელიც კი ოდესმე მიმიცია ქართულ ხელნაწერშიო. 1917 წლის რევოლუციის შემდეგ ყოფილ მეპატრონეებს კვლავ დაუპირებიათ ხელნაწერის უკან დაბრუნება , მაგრამ ექვთიმე თაყაიშვილს იგი მუზეუმისთვის გადაუცია.
არასრული, მაგრამ შემორჩენილი ტექსტი ძალიან მნიშვნელოვანია „ვეფხისტყაოსნის“ ხელნაწერი K 205 (XVII ს.), რომელიც ქუთაისის მუზეუმში მოხვდა„ვეფხისტყაოსნის ხელნაწერი S 5006 (XVIII ს.) თაყაიშვილმა იხსნა საზღვარგარეთ გატანისაგან. ის შემოქმედელ (გურია) ქაიხოსრო გურიელს მზითვებში მიუცია თავის ასულ პელაგიასათვის, რომელიც საჩხერელ ნესტორ წერეთელს მისთხოვდა. ხელნაწერი 1880 წელიდან თბილისშიც ყოფილა; იგი ერთ ნდობით აღჭურვილ პირს ეტლში დარჩენია. ამ გზით ხელნაწერი დავით სარაჯიშვილს სამ თუმნად შეუძენია და მისი ჩუქება ბარონ დე ბაისათვის გადაუწყვეტია, მაგრამ ექვთიმე თაყაიშვილს ბევრი ცდისა და უხერხულობის გადალახვით ნივთი შემსყიდველისთვის არ დაუნებებია და სამშობლოში დაუტოვებია.ამის შემდეგ, თურმე, იმავე ხელნაწერის 36 სურათიდან 16 სურათი პარიზში იყიდებოდა. ისინი, საბედნიეროდ, მარჯორი უორდროპისათვის შეუთავაზებიათ, უოდროპს ექვთიმესთვის უცნობებია, რამდენიმე ხნის შემდეგ, 5-6 სურათი ორი სომხისაგან შეუძენია ებრაელ მიხაკას, რომელსაც თაყაიშვილისთვის შეუთავაზებია, დიდი ძალისხმევის შემდეგ დარჩენილი 10 სურათიც შეუძენიათ სომეხი ვაჭრებისგან, რომლებსაც თავის დროზე წერეთლებისგან შეუძენიათ. „ვეფხისტყაოსნის“ ერთ-ერთი საყურადღებო ხელნაწერის თაყაიშვილისეული აღწერილობა პარიზში გამოქვეყნდა. თაყაიშვილი იგონებს: „ ეს ხელნაწერი ელენე ერისთავის ასულს თარხან- მოურავისას თბილისში შეეძინა პ. კარბელაშვილის თაოსნობით. შემდეგ ელენე თბილისიდან ყირიმში გადასახლდა და იქ, თავის მამულში, ქუჩუქ-ლამბათში ცხოვრობდა იალტის მახლობლად. 1912 წელს მე მივედი ელენესთან... ამ წიგნების გამოსათხოვად და სხვა ნივთების სანახავად, მაგრამ ეს ხელნაწერი სხვა ნივთებთან ერთად სევასტოპოლის ბანკში შეენახა შიშიანობის გამო და ამიტომ ვერ ვნახე, სამაგიეროდ ის მე დამპირდა, რომ ხელნაწერს თბილისში გამომიგზავნიდა და თანაც ანდერძს დატოვებდა, რათა მისი ვერცხლეულობა , სურათები, ნოხები, ხატები და ჯვრები, მისი სიკდილის შემდეგ, საქართველოს საეთნოგრაფიო საზოგადოების მუზეუმისათვის გადაეცათ. გადიოდა ხანი, მაგრამ ხელნაწერი არ ჩანდა, ბოლოს პარიზში თარხან- მოურავის სიძეს იოსებ დადიანს გადაუცია დასურათებული „ვეფხისტყაოსანი“.„ვეფხისტყაოსნის“ ხელნაწერების მოპოვებისა და დაცვის გარდა, ექვთიმე თაყაიშვილის დამსახურებაა რუსთველოლოგიაში იმავე ხელნაწერების აღწერა, კლასიფიკაცია, „ვეფხისტყაოსანის“ ვრცელ და მოკლე ვარიანტებს შორის არსებული ურთიერთობის გარკვევა და საგულისხმო აზრების გამოთქმა.ექვთიმე თაყაიშვილმა პირველმა შენიშნა, რომ ვახტანგ VI -ის მიერ გამოცემული „ვეფხისტყაოსანი“ (1712) ხელოვნურად შემოკლებული, ე.ი. რედაქტირებული, ტექსტია და არა რომელიმე ძველი ხელნაწერის განმეორება. 1908 წელს დაიბეჭდა ვრცელი აღწერილობა პოემის 24 ხელნაწერისა, რომელთა შორის იყო 9 ხელნაწერი მე-17 საუკუნისა. მეცნიერმა წამოჭრა საკითხი „ვეფხისტყაოსნის“ ტექსტის ხელნაწერ ნუსხათა ვარიანტებითურთ გამოცემისა. საისტორიო საეთნოგრაფიო საზოგადოების საბჭოს 1913 წლის ერთ-ერთ ოქმში ვკითხულობთ: საზოგადოების საბჭომ „დაადგინა შეერთებულის ძალით გამოსცეს „ვეფხისტყაოსნის“ სრული ტექსტი ყველა ვარიანტის ჩვენებით“ ( ჟურნალი „კლდე“, 1914 N 23, გვ. 7-8).ილი ჭავჭავაძის მეგობარმა, თაყაიშვილის სიმამრმა ივანე პოლტარაცკიმ „ვეფხისტყაოსანი“ რუსულად თარგმნა ამ საქმეში სიმამრს სიძეც შველოდა.დაბოლოს, ექვთიმე თაყაიშვილის ნაღვაწი რუსთველოლოგიის დარგში, დღესაც დიდ სამსახურს უწევს ამ საკითხით დაინტერესებულ პირებს.
